表参道を西に進むと南神門に達します。手水を済ませ、南神門の石段を上がり神域に入ると、背後に畝傍山を控えた雄大な社殿が眼前に開けます。南神門は素木建の八脚門で屋根は切妻造の銅板葺です。
もと正門として大正4年に建造された唐破風造の平唐門で、紀元2600年事業で北神門として移築されました。
板塀に囲まれ、白い玉石を敷きつめた方形の庭で祭典に先立ち、宮司以下祭員が修祓(身を祓い清める)を行います。